Etelä-Pohjanmaan Ensi- ja turvakotiyhdistyksen hallinnosta vastaavana elimenä toimii yhdistyksen jäsenistä koostuva hallitus. Vuosittain yhdistyksen syyskokous valitsee aina seuraavaksi kalenterivuodeksi yhdistyksen hallituksen jäsenet. Yhdistyksen toiminnanjohtaja toimi hallituksen kokouksissa esittelijänä ja sihteerinä.
HALLITUS 2025
Tuomas Koivuniemi, puheenjohtaja hallituksen jäsenet:
Esa Saarinen
Esa Kippola
Enni Einola
Niina Mustajärvi
Helinä Mesiäis-Lehto
Katja Luukaslammi.
Hallituksen jäsenet toimivat kansalaisjärjestöaatteen mukaan tehtävässään vapaaehtoistyöntekijöinä vailla korvauksia tai palkkioita.