Etelä-Pohjanmaan Ensi- ja turvakotiyhdistyksen hallinnosta vastaavana elimenä toimii yhdistyksen jäsenistä koostuva hallitus. Vuosittain yhdistyksen syyskokous valitsee aina seuraavaksi kalenterivuodeksi yhdistyksen hallituksen jäsenet. Yhdistyksen toiminnanjohtaja toimi hallituksen kokouksissa esittelijänä ja sihteerinä.
HALLITUS 2023
Tuomas Koivuniemi, puheenjohtaja
Esa Saarinen, varapuheenjohtaja
Helinä Mesiäislehto-Soukka
Leena Huhtamäki
Enni Einola
Eija Liikamaa ja
Niina Mustajärvi.
Varajäseninä toimivat Pirjo Pieski ja Esa Kippola.
Hallituksen jäsenet toimivat kansalaisjärjestöaatteen mukaan tehtävässään vapaaehtoistyöntekijöinä vailla korvauksia tai palkkioita.