Etelä-Pohjanmaan Ensi- ja turvakotiyhdistyksen hallinnosta vastaavana elimenä toimii yhdistyksen jäsenistä koostuva hallitus. Vuosittain yhdistyksen syyskokous valitsee aina seuraavaksi kalenterivuodeksi yhdistyksen hallituksen jäsenet. Yhdistyksen toiminnanjohtaja toimi hallituksen kokouksissa esittelijänä ja sihteerinä.
HALLITUS 2022
Tuomas Koivuniemi, puheenjohtaja
Esa Saarinen, varapuheenjohtaja
Taija Hakola,
Leena Huhtamäki,
Enni Einola,
Tiina Autio ja
Niina Mustajärvi.
Varajäseninä toimivat Pirjo Pieski ja Esa Kippola.
Hallituksen jäsenet toimivat kansalaisjärjestöaatteen mukaan tehtävässään vapaaehtoistyöntekijöinä vailla korvauksia tai palkkioita.