Etelä-Pohjanmaan Ensi- ja turvakotiyhdistyksen hallinnosta vastaavana elimenä toimii yhdistyksen jäsenistä koostuva hallitus. Vuosittain yhdistyksen syyskokous valitsee aina seuraavaksi kalenterivuodeksi yhdistyksen hallituksen jäsenet. Yhdistyksen toiminnanjohtaja toimi hallituksen kokouksissa esittelijänä ja sihteerinä.
HALLITUS 2021
Raija Kuusisto, puheenjohtaja
Esa Saarinen, varapuheenjohtaja
Taija Hakola
Leena Huhtamäki
Pirjo Pieski
Tuomas Koivuniemi
Tarmo Peltonen
Anna-Liisa Myllyniemi
Kristiina Mäkelä
Hallituksen jäsenet toimivat kansalaisjärjestöaatteen mukaan tehtävässään vapaaehtoistyöntekijöinä vailla korvauksia tai palkkioita.